Bij de oprichting van de parochie Koksijde (1842) nam men de toen bouwvallige Sint-Janskerk in gebruik.
De pas aangestelde pastoor vond al snel dat het tijd was om de parochie Koksijde een nieuwe en prestigieuze kerk te schenken. E.H. Foqueur trok samen met zijn broer (die architect was) naar Frankrijk en maakte schetsen van (neo)gotische kerken en glasramen. De aanbesteding werd toegewezen aan aannemer Basile De Keuwer uit Nieuwpoort voor 50.800 Belgische frank, ruim 1.070 frank hoger dan initieel voorzien waardoor de pastoor het verschil zelf bijpaste om vertragingen te vermijden.
De nieuwe kerk werd gebouwd rond het Sint-Jans-de-Doperkerkje, zodat ze dat kerkje nog konden gebruiken tijdens de bouwwerken - pas toen de nieuwe kerk klaar was, verdween de oude kerk. E.H. Rousseeuw, pastoor-deken van Veurne wijdde de kerk in 1848, waarna de kerk openging. Deze wijding is echter voorbehouden aan de bisschop waardoor ze voorlopig als noodkerk gebruikt.
Op 5 oktober In 1880 wijdde Mgr. Faict, bisschop van Brugge, de nieuwe parochiekerk in Koksijde-Dorp. In tegenstelling tot het Sint-Janskerkje werd de Sint-Pieterskerk niet aan Johannes de Doper gewijd, maar aan Petrus, patroonheilige van de vissers. De tegels in het koor en het houten beeld van Sint-Jan de Doper komen nog uit de Sint-Janskerk en hetzelfde geldt voor het kleinste klokje, Ciesje. Op 22 juli 1918 viel er een obus op het middenkoor (en een tweede in de nacht van 23 op 24 juli). Tijdens WO II namen de Duitsers alle klokken mee, maar in Koksijde was men de Duitsers te slim af: er werd besloten om Ciesje te begraven. Zo behield Koksijde als één van de weinige parochies twee klokken over i.p.v. één.
Meer weten? Koop de bezoekersgids over de Sint-Pieterskerk in ons toerismekantoor voor slechts 1,50 euro.